Obiectivul principal al politicii externe in primii ani de domnie a lui Stefan cel Mare a fost normalizarea relatiilor cu Polonia si neutralizarea pretentiilor de suzeranitate ale Ungariei asupra Moldovei. Cele preconizate de voievodul moldovean aveau sorti de izbanda datorita faptului ca regele polonez era angajat in conflictul indelungat cu cavalerii teutoni, iar regele maghiar -in lupta pentru obtinerea coroanei sale, la care pretindea imparatul Frideric al III-lea de Habsburg.
Cu scopul de a impune Polonia sa nu dea azil lui Petru Aron, Stefan in 1458 intreprinde o incursiune in regiunea sudica a acestei tari. Regele Cazimir al IV-lea este nevoit sa inceapa tratative cu Moldova. Prin tratatul de la Overchelauti (pe Nistru) el il recunoaste pe Stefan domn si interzice lui Petru Aron de a se apropia de hotarele Moldovei. Domnul moldovean, la randul sau, recunoaste formal suzeranitatea regelui polon, in 1463 Stefan se casatoreste cu Eudochia, fiica cneazului Kievului Simion Olelcovici. Deoarece Ucraina se afla atunci in componenta Poloniei, aceasta casatorie a apropiat si mai mult pe domn de regatul polon.
In aceeasi perioada se incordase relatiile moldo-ungare. Regele maghiar pretindea sa fie recunoscut ca suzeran al domnului Moldovei. La curtea lui Matei Corvin se retrage din Polonia Petru Aron. Ungaria continua sa ocupe cetatea Chilia. Dupa incercarea nereusita din 1462, la 1465 Stefan ocupa Chilia, fiind sprijinit de locuitorii ei. Drept raspuns Matei Corvin hotaraste sa-i scoata pe Stefan din domnie.
In 1467, in fruntea unei armate de 40.000 oameni Matei Corvin patrunde in Moldova. La Baia, in noaptea de 14 spre 15 decembrie, tabara regelui este atacata de oastea lui Stefan. Cu pierderi mari, ranit, regele se retrage. Numai un act de tradare a vornicului Crasnas i-a permis lui Mateas sa scape cu viata.
Victoria de la Baia a consolidat pozitiile lui Stefan in interiorul tarii si si-a ridicat prestigiul sau in relatiile cu alte state.
In 1469, in urma unei incursiuni in Transilvania, Stefan il prinde acolo pe Petru Aron si il pedepseste pentru uciderea tatalui sau Bogdan al Il-lea.
In anul urmator, la Lipnic Stefan ataca o oaste tatareasca, care savarsise o incursiune la nordul Moldovei. Tatarii sunt macilariti, iar domnul ia masuri de intarire a hotarelor rasaritene ale tarii, fortificand si cetatea Orheiului.
In politica sa externa Stefan Voda a demonstrat inalte calitati de diplomat, evitand sa aiba concomitent doi inamici puternici. Aceasta i-a permis sa pastreze independenta tarii, alternand relatiile pasnice cu conflictele militare cu puternicile state vecine, aflate in ascensiune - Ungaria, Polonia si Imperiul otoman. Cand relatiile cu aceste tari aduceau la razboaie, Stefan a stiut sa utilizeze pe deplin metode specifice de lupta (pusteirea teritoriului in calea dusmanului, hartuirea in continuu pe masura inaintarii lui in interiorul tarii, folosirea cu iscusinta a avantajului reliefului etc.), care minimalizau superioritatea numerica a inamicului. Disproportia sau asimetria dintre fortele moldovene si dusmane nu numai ca nu asigura victoria invadatorilor, ci dimpotriva, darorita iscusintei domnitorului se termina aproape intotdeauna cu infrangerea lor.