Ultimii ani de domnie fură ani de pace. Cel care spunea în actele scrise că este din mila lui Dumnezeu domn al Ţării Moldovei a zidit 44 mănăstiri şi biserici, conform tradiţiei, după fiecare luptă o biserică. Bătrân şi bolnav de gută; i s-a amputat piciorul. După o domnie îndelungată de 47 de ani - neobişnuită pentru acele vremuri - marele domnitor închise ochii la 2 iulie 1504.
Iară prea Ştefan Vodă l-au îngropat ţara cu multă jale şi plângere în mănăstire la Putna, care era zidită de dânsul, jale era, că plângea toţi ca pe un părinte al său...(Grigore Ureche)
Povara anilor, greutatile de neinchipuit ale atator razboaie, acea rana nevindecata de la picior capatata inca din tinerete intr-o lupta la Cetatea Alba, podagra care l-a chinuit doi ani inainte de a trece la cele vesnice in 1504, n-au putut sa infrana virtutea maritului Voievod Stefan, care mereu, cu mintea si cu inima era neinfricat aparator al hotarelor, al libertatii tarii si al credinţei
